33 habitats naturels ont justifié la désignation du site Natura 2000 du Marais poitevin dont 4 prioritaires. Ces habitats sont regroupés selon les grands milieux ci-dessous :
- les habitats de vasières et fourrés halophiles de la Baie de l'Aiguillon et de l'estuaire du Lay
- les lagunes de la Belle-Henriette, du Marais de Gâtineau,...
- les habitats dunaires depuis les laisses de mer à la forêt de Chênes verts, en passant par la dune mobile et la dune stabilisée
- les prairie sub-hablophile thermo-atlantique qui caractérisent les marais ouverts arrière-littoraux
- les boisements humides des marais mouillés soumis aux crues hivernales
- l'ensemble du réseau hydraulique
- les pelouses calcaires et prairies mésophiles de fauches, situées sur les coteaux des vallées et îles calcaires
- les mégaphorbiaies eutrophe qui correspondent aux friches herbacées hygrophiles des marais mouillés tourbeux
- les tourbières alcalines
