Les annexes de la Directive Habitats et de la Directive Oiseaux listent les espèces de faune, de flore et les habitats d’intérêt communautaire. Ce sont les espèces qui sont soit en danger d'extinction ou rares et les habitats naturels rares ayant une aire de répartition réduite.
Au sein du site Natura 2000 Marais poitevin, il existe ainsi 33 habitats d’intérêt communautaire et 160 espèces d’intérêt communautaire faune-flore confondus.